Detection of IDH1/IDH2 Mutations Using Multiplex PCR/Single-base Extension in Formalin-Fixed, Paraffin-Embedded Glioma Tissues
Notice bibliographique
Résumé
Isocitrate dehydrogenase (IDH) has an important role in a key step of the citric acid cycle. Recently, it has been found that mutants of either of the 2 IDH genes could be found in several cancers, including astrocytic and oligodendroglial neoplasms, and that the mutations result in the generation of a dominant-negative inhibitor of IDH dimer activity. These mutations are typically found in codon 132 in exon 4 of IDH1 and 172 in exon 4 of IDH2. Of the mutations in IDH1, 90% are of a single variant (R132H). IDH mutation detection has a prognostic role in gliomas. We developed a simple, PCR-based assay to detect IDH1/2 mutations in gliomas. This protocol combines a single, multiplexed PCR reaction, using gene specific primers, with a single, multiplexed, SNaPshot (Applied Biosystems, Carlsbad CA) reaction. The products are then resolved by capillary electrophoresis. Multiplex PCR products serve as template for SNaPshot reactions using gene-specific, single-base extension primers. As controls to demonstrate the ability of our test to visualize common IDH1 and IDH2 mutants, we also cloned known IDH1/2 mutations into plasmids using oligonucleotide-based, site-directed mutagenesis. In a blinded validation survey, we evaluated 30 glioma specimens that had been previously tested by PCR DNA sequencing. Concordance was 100%. The common R132H IDH1 mutation and a single R132S IDH1 mutation were identified in our validation samples. Our assay yields several improvements over genomic PCR sequencing. Data were faster and easier to interpret than from sequencing. Test results could be obtained in 1 day, from DNA extraction to analysis. Equivalent results were observed when comparing DNA extracted from formalin-fixed, paraffin-embedded tissue to those extracted from frozen tissue samples. In addition, the simplicity of this test allows for the adaptation of this assay to automation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».