Temporal genetic change in North American Pacific oyster populations suggests caution in seascape genetics analyses of high gene-flow species
Notice bibliographique
Résumé
MEPS Marine Ecology Progress Series Contact the journal Facebook Twitter RSS Mailing List Subscribe to our mailing list via Mailchimp HomeLatest VolumeAbout the JournalEditorsTheme Sections MEPS 565:79-93 (2017) - DOI: https://doi.org/10.3354/meps12009 Temporal genetic change in North American Pacific oyster populations suggests caution in seascape genetics analyses of high gene-flow species Xiujun Sun1,2, Dennis Hedgecock1,* 1Department of Biological Sciences, University of Southern California, Los Angeles, California 90089-0371, USA 2Yellow Sea Fisheries Research Institute, Chinese Academy of Fishery Sciences, Qingdao 266071, PR China *Corresponding author: dhedge@usc.edu ABSTRACT: The Pacific oyster Crassostrea gigas was, for decades, massively introduced to North America from Japan and established large, self-recruiting populations in the Pacific Northwest of the USA and Canada. A previous study of mtDNA variation revealed little population genetic structure among populations from British Columbia and Washington State. Here, we used samples from that study, more recent samples from 2 of the same localities, and 2 additional samples, including 1 from Japan, to investigate spatial and temporal genetic variation at 52 mapped, coding, single-nucleotide polymorphisms (SNPs) assayed by high-resolution melting (HRM). Little variation was detected among North American populations, which, as a group, are distinct, perhaps adaptively so, from oysters in Hiroshima, Japan. However, significant excesses of heterozygotes with respect to random mating expectations and of pairwise linkage disequilibria revealed that North American populations are not in Hardy-Weinberg (random mating) equilibrium. Moreover, genetic changes over 10 to 21 yr in 2 localities are substantial, despite high gene flow, and are as large as spatial variance per generation. These results caution against basing connectivity or seascape genetic analyses on snapshots of spatial population structure in high gene-flow species. Because migration and selection are ruled out as causes of temporal genetic change, random genetic drift is the most parsimonious explanation. This implies effective population sizes (Ne) of hundreds to a few thousands, orders of magnitude smaller than the natural abundance (N) of this oyster. These low Ne:N ratios are compatible with the hypothesis of sweepstakes reproductive success. KEY WORDS: Crassostrea gigas · Single nucleotide polymorphism · High-resolution melting · Linkage disequilibrium · Genetic variance · Effective population size · Sweepstakes reproductive success Full text in pdf format Supplement 1 Supplement 2 PreviousNextCite this article as: Sun X, Hedgecock D (2017) Temporal genetic change in North American Pacific oyster populations suggests caution in seascape genetics analyses of high gene-flow species. Mar Ecol Prog Ser 565:79-93. https://doi.org/10.3354/meps12009 Export citation RSS - Facebook - Tweet - linkedIn Cited by Published in MEPS Vol. 565. Online publication date: February 17, 2017 Print ISSN: 0171-8630; Online ISSN: 1616-1599 Copyright © 2017 Inter-Research.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».