Unmasking two stages of interferon signaling in dendritic cells infected with HIV-1
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Myeloid dendritic cells (DCs) have the innate capacity to sense pathogens and mount counteroffensive responses, which include the production of type I and type III interferons (IFN). In the case of HIV-1 infection, DCs can internalize and present viral antigens, but the majority of DCs are not productively infected due to restriction at the level of reverse transcription. Consequently, DCs do not efficiently ‘sense’ HIV-1, fail to produce IFN, do not mature, and cannot program appropriate adaptive immune responses. To improve our understanding of how IFN and cell maturation are regulated in monocyte-derived DCs, we have used systems analyses to study how DCs respond to HIV-1 after removing the block to reverse transcription with the lentiviral protein Vpx. We have profiled changes in open chromatin during infection using an assay for transposase-accessible chromatin (ATAC-seq), and have tracked the kinetics of gene expression in parallel. Using antiretroviral drugs and virus mutants to separate stages of the life cycle, we have determined that at least two signals cooperate to drive innate immune responses during HIV-1 infection: the first coming from the cytoplasmic sensor, cGAS, which is known to recognize reverse transcribed HIV cDNA, and the second from an unrelated pathway engaged after virus integration. Moreover, by interrogating infection in combination with a battery of classic innate agonists we have found that HIV-1 primes DCs to produce IFN, even in the presence of certain antiretroviral drugs. Our studies demonstrate that robust IFN production in response to HIV-1 infection depends on the coordinated action of distinct transcription factors and illuminate key pathways that regulate innate immunity in myeloid cells.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».