Improving the Sensitivity and the Specificity of HLA-B27 Typing by Replacing Serological Tests with a TaqMan-PCR Assay
Notice bibliographique
Résumé
Abstract HLA-B27 is a strong diagnostic biomarker as it is found in 90– 95% of ankylosing spondylitis. Routinely, the false-positive results generated by cross-reactivity of HLA-B27 monoclonal antibodies (mAbs) with some other type of HLA-B antigens are problematic. The present study aims at improving the sensitivity and specificity of typing for HLA-B27 by using a more accurate DNA assay. A real time sequence specific primer polymerase chain reaction (PCR-SSP) is performed by using MGB TaqMan oligoprobe and an ABI PRISM™ 7500 sequence detection system. The TaqMan PCR-SSP assay is compared with Immunophenotyping by flow cytometric antigen assay (BD HLA-B27-Kit, clone GS145.2). The results are finally confirmed by sequencing (ABI PRISM ® 3100). As summarised in the table, three methods are identical for clearly positive and negative results. There is 90% concordance for borderline negative results obtained by immunophenotyping with TaqMan PCR-SSC and/or sequencing. However, only 15.4% of borderline positives obtained by immunophenotyping are confirmed as true HLA-B27 positives by sequencing as well as TaqMan PCR-SSC. TaqMan PCR-SSP DNA assay completely correlates with sequencing (gold standard) with 100% PPV and NPV, compared to a PPV of 15% and a NPV of 98% for borderline results by immunophenotyping. Conclusion: when compared with flow cytometric antigen assay, typing HLA-B27 by TaqMan PCR-SSP clearly demonstrates an advantage to better establish the genotype of the patient. Specifically, there is a marked difference for ambitious positive results from immunophenotyping. Moreover, compared to immunophenotyping, there is no need of fresh samples, can test a larger number of samples concomitantly, and reduces technical time as well as cost. N = 52 Immunophenotyping TaqMan PCR-SSP Sequencing Immuno vs Sequencing TaqMan PCR-SSP vs Sequencing Positive 11 11 11 100% 100% Negative 17 17 17 100% 100% Positive (borderline by Immunophenotyping) 13 2 2 15% 100% Negative (borderline ) by Immunophenotyping) 10 9 9 98% 100%
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,008 | 0,011 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,005 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».