The sil Locus in Streptococcus Anginosus Group: Interspecies Competition and a Hotspot of Genetic Diversity
Notice bibliographique
Résumé
The Streptococcus Invasion Locus (Sil) was first described in Streptococcus pyogenes and S. pneumoniae, where it has been implicated in virulence. The two-component peptide signaling system consists of the SilA response regulator and SilB histidine kinase along with the SilCR signalling peptide and SilD/E export/processing proteins. The presence of an associated bacteriocin region suggests this system may play a role in competitive interactions with other microbes. Comparative analysis of 42 Streptococcus Anginosus/Milleri Group (SAG) genomes reveals this to be a hot spot for genomic variability. A cluster of bacteriocin/immunity genes is found adjacent to the sil system in most SAG isolates (typically 6-10 per strain). In addition, there were two distinct SilCR peptides identified in this group, denoted here as SilCRSAG-A and SilCRSAG-B, with corresponding alleles in silB. Our analysis of the 42 sil loci showed that SilCRSAG-A is only found in S. intermedius while all three species can carry SilCRSAG-B. In S. intermedius B196, a putative SilA operator is located upstream of bacteriocin gene clusters, implicating the sil system in regulation of microbe-microbe interactions at mucosal surfaces where the group resides. We demonstrate that the S. intermedius B196 responds to its cognate SilCRSAG-A, and, less effectively, to SilCRSAG-B released by other Anginosus group members, to produce putative bacteriocins and inhibit the growth of a sensitive strain of S. constellatus.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».