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Enregistrement W2570188740 · doi:10.1182/blood.v108.11.1798.1798

Sequences in Intron 51 of the VWF Gene Target Promoter Activation to a Subset of Lung Endothelial Cells in Transgenic Mice.

2006· article· en· W2570188740 sur OpenAlexaff
Nadia Jahroudi, Marjan Nassiri, Karla Wasserloos, Simon C. Watkins, Bruce R. Pitt, Ann M. Kleinschmidt

Notice bibliographique

RevueBlood · 2006
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCancer-related gene regulation
Établissements canadiensUniversity of Alberta
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésTransgeneBiologyMolecular biologyIntronExonGenetically modified mousePromoterGeneEnhancerRegulatory sequenceGene expressionCell biologyGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract The VWF gene, located on chromosome 12, is 178 kb long and contains 52 exons. VWF is synthesized exclusively by endothelial cells and megakaryocytes. We have previously characterized a region of the VWF gene spanning sequences −487 to +247 that functions as an endothelial specific promoter in vitro. Subsequently a number of transacting factors including, NF1, Oct 1, Ets, GATA6, NFY and Ebp4 that positively and negatively regulate the activity of this promoter were identified by us and others. However, in vivo analysis of the promoter demonstrated that this promoter fragment (sequences −487 to +247) targets activation of fused heterologous transgenes (LacZ and amyloid precursor proteins) specifically and exclusively to brain vascular endothelial cells of transgenic mice. A longer VWF promoter fragment, including 2182 bp of the 5′ flanking sequences, the first exon and the first intron was reported by Aird et al to activate LacZ transgene expression in endothelial cells of the heart and muscle as well as brain of transgenic mice. Considering that endogenous VWF expression is observed in almost all endothelial cells, these results suggested that additional VWF gene sequences were required for transcriptional activation of the VWF promoter in vascular endothelial cells of multiple other organs in vivo; and that distinct regions of the VWF gene are required to achieve promoter activity in endothelial cells of distinct organs. To identify additional cis acting elements within the VWF gene that may participate in its transcriptional regulation generally and/or in distinct organs, we explored the possibility that such sequences may be located in VWF chromatin regions that show hypersensitivity to DNase I. We have now identified a region within intron 51 of the VWF gene that is DNase I hypersensitive (HSS) specifically in non-endothelial cells. This region was shown to interact with YY1 transcription factor in a manner that forms endothelial and non-endothelial specific complexes. In vitro transfection analyses demonstrated that HSS sequences containing this YY1 binding site significantly increased a heterologous SV40 promoter activity specifically in endothelial cell and that this increase was dependent on the presence of an intact YY1 binding site. In contrast, the HSS sequences significantly decreased the SV40 promoter activity in non-endothelial cells. These results suggested that the HSS sequences may participate in activation of gene expression in an YY1 dependent manner in endothelial cells, while repress gene expression in non-endothelial cells. Nevertheless the HSS sequences did not significantly affect the homologous VWF promoter activity that was analyzed by in vitro transfection analyses. However, in vivo analyses demonstrated that addition of these sequences to the VWF promoter (−487 to +247) results in promoter activation in lung and brain vascular endothelial cells. These results demonstrate that the HSS sequences in intron 51 of the VWF gene participate in organ specific regulation of VWF gene expression, an observation that could not be determined by in vitro analysis. These analyses suggest that the HSS sequences contain cis-acting elements that are specifically necessary for the VWF gene transcription in a subset of lung endothelial cells in vivo.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,009

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,003
Tête enseignante GPT0,202
Écart entre enseignants0,199 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2006
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