Comparison of Pulsed-Field Gel Electrophoresis and Whole Genome Sequencing in Clostridium difficile Typing
Notice bibliographique
Résumé
Background. Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) is a common typing method for Clostridium difficile (C. difficile), but whole genome sequencing (WGS) may become a new gold standard. We compared the two methods by examining matched PFGE and WGS data for a set of C. difficile isolates. Methods. A total of 467 C. difficile isolates, collected in a cohort study in 2006-2007, underwent PFGE at the time of study and WGS in 2015. Strain relatedness by PFGE was identified as indistinguishable, closely related, possibly related, or different using Tenover's criteria. Numbers of single nucleotide variants (SNV) across all possible pairs were compared with PFGE categories. To assess ability to recognize clonality, isolates were considered the same type by WGS if they had 0-2 SNV, and by PFGE if indistinguishable, closely related, or possibly related. Using these definitions, adjusted Wallace coefficient was calculated to assess congruence between the methods. Simpson's index was calculated to assess discriminatory power. Results. The average number of SNV between pairs increased across increasingly dissimilar PFGE categories, but was large even for “indistinguishable” isolates (Table 1). Smaller medians suggest that a few outliers might be at play. Three isolates accounted for 97 “indistinguishable” pairs with most SNV. One also accounted for most pairs “different” by PFGE with 0 SNV. These isolates' PFGE groups were verified to be correct, and the discrepancies will require further investigation. Overall, 85.6% of pairs had concordant results. 14.3% of pairs were clonal by PFGE, but not WGS (Figure 1). The Wallace coefficient showed that isolates clonal by WGS had a 94.2% chance of sharing a PFGE group, while the converse was true for 14.2%. Compared with PFGE, WGS had a higher Simpson's index (0.973 versus 0.845). Numbers of SNV Among PFGE Categories Conclusion. C. difficile strain relatedness assessment correlated between PFGE and WGS, but WGS achieved higher levels of resolution. PFGE classified a significant portion of genomically distinct isolates as related. Disclosures. All authors: No reported disclosures
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,027 | 0,039 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».