Cerebrospinal Fluid in a Small Cohort of Patients with Multiple Sclerosis Was Generally Free of Microbial DNA
Notice bibliographique
Résumé
Multiple sclerosis (MS) is a common cause of non-traumatic neurologic disability with high incidence in many developed countries. Although the etiology of the disease remains elusive, it is thought to entail genetic and environmental causes, and microbial pathogens have also been envisioned as contributors to the phenotype. We conducted a metagenomic survey in cerebrospinal fluid (CSF) from 28 MS patients and 15 patients suffering other type of neurological conditions. We detected bacterial reads in eight out of the 15 non-MS patients and in a single MS patient, at an abundance > 1% of total classified reads. Two patients were of special interest: one non-MS patient harbored ~ 73% bacterial reads, while an MS patient had ~ 83% bacterial reads. In the former case, Veillonella parvula, a bacterium occasionally found associated with meningitis was the predominant species, whilst Kocuria flava, apparently an environmental bacterium, predominated in the latter case. Thirty-four out of 43 samples contained less than 1% bacterial reads, which we regard as cross- or environmental contamination. A few viral reads corresponding to Epstein-Barr virus, cytomegalovirus and parvovirus were also identified. Our results suggest that CSF of MS patients is often (but not always) free of microbial DNA.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».