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Enregistrement W2571891060 · doi:10.1096/fasebj.30.1_supplement.lb71

Crystal Structure of Human Tetraspanin CD81 Reveals a Conserved Intramembrane Binding Cavity

2016· article· en· W2571891060 sur OpenAlexfundno aff
Brandon Zimmerman, Brian McMillan, T.C.M. Seegar, Andrew C. Kruse, Stephen C. Blacklow

Notice bibliographique

RevueThe FASEB Journal · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueCell Adhesion Molecules Research
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchNational Institutes of Health
Mots-clésTetraspaninCD81ChemistryCell biologyBiologyVirologyBiochemistryCellVirus

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Tetraspanins comprise a diverse family of four‐pass transmembrane proteins that play critical roles in cell activation, adhesion, migration and proliferation. CD81/Tspan28, the most widely studied member of the family, forms a complex with CD19, CD21 and CD225 to regulate B cell receptor function, and also acts as a receptor or co‐receptor for pathogens such as Hepatitis C virus and Plasmodium species. Despite the fundamental importance of tetraspanin proteins in a broad range of physiologic and pathophysiologic processes, structural information about a full‐length tetraspanin has remained elusive. Here we present the first crystal structure of a full‐length tetraspanin, human CD81. The transmembrane segments of CD81 pack as two largely separated pairs of helices, not as the four‐helix bundle predicted previously. The structure is capped by the large extracellular loop 2 (EC2) at the outer membrane leaflet, and the two pairs of helices converge at the inner leaflet to form a shape resembling an inverted teepee. The transmembrane region contains a large pocket suggestive of a ligand‐binding site, offering a potential mechanism for binding lipids or other molecules. In support of this idea, we observe electron density consistent with a bound cholesterol molecule in the pocket, and we detect specific binding of cholesterol to this site in vitro. The discovery of the hydrophobic pocket in the core of the transmembrane domain presents a novel therapeutic avenue for targeting CD81 and other tetraspanins in pathogenic infections or malignancies. Support or Funding Information Brandon Zimmerman is supported by a CIHR postdoctoral fellowship. NIH grant NCI 5ROI CA092433 to SCB and DP5 OD021345 to ACK.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,002
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,030
Tête enseignante GPT0,306
Écart entre enseignants0,277 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2016
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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