Deletion and Copy Number Variation of Y‐Chromosomal Regions in Coho Salmon, Chum Salmon, and Pink Salmon Populations
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The linkage between the Y‐chromosomal DNA marker GH‐Y (growth hormone pseudogene) and the Y‐associated sex‐determining locus was examined in 31 populations of Coho Salmon Oncorhynchus kisutch, 29 populations of Chum Salmon O. keta, and 14 populations of Pink Salmon O. gorbuscha from North America (British Columbia [BC] and Yukon, Canada; Oregon and Washington, USA) and Japan to examine the stability of Y‐chromosome sequences in salmonids. This marker is used for genetic sexing of multiple salmon species both for population studies and for aquaculture strain development. We found a strong association between GH‐Y and sex in Coho Salmon (with rare exceptions seen in Washington and Oregon only), whereas the association of GH‐Y and sex was weak in Chum Salmon and Pink Salmon. Up to 100% of males lacking GH‐Y were found in some BC Chum Salmon populations, whereas there were no exceptional (GH‐Y‐negative) males in Japan, the Yukon, or Washington, indicating strong geographic clustering of GH‐Y marker deletion. For Pink Salmon, there was an average of 29% male exceptions in BC populations. For both Pink Salmon and Chum Salmon, many more GH‐Y‐negative males than GH‐Y‐positive females were observed. To investigate whether sex reversal, recombination, or differential mutation and selection mechanisms occur in Pink Salmon, we conducted reciprocal single‐pair crosses using regular males, regular females, and exceptional individuals (GH‐Y‐negative males and GH‐Y‐positive females). The results showed that the GH‐Y locus from GH‐Y‐positive males and females was stably inherited by the F1 progeny independently of the sex‐determining locus and that this chromosomal region was not necessary for male differentiation. The present data suggest that the genomic organization of the salmonid Y‐chromosome is highly dynamic and subject to multiple forms of sequence copy number variation at multiple loci. Whether this variation has fitness implications or is selectively neutral in populations remains to be examined. Received July 13, 2016; accepted October 19, 2016 Published online January 20, 2017
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».