Subgenome dominance in an interspecific hybrid, synthetic allopolyploid, and a 140 year old naturally established neo-allopolyploid monkeyflower
Notice bibliographique
Résumé
The importance and applications of polyploidy have long been recognized, from shaping the evolutionary success of flowering plants to improving agricultural productivity. Recent studies have shown that one of the parental subgenomes in ancient polyploids is generally more dominant - having both retained more genes and being more highly expressed - a phenomenon termed subgenome dominance. How quickly one subgenome dominates within a newly formed polyploid, if immediate or after millions of years, and the genomic features that determine which genome dominates remain poorly understood. To investigate the rate of subgenome dominance emergence, we examined gene expression, gene methylation, and transposable element (TE) methylation in a natural less than 140 year old allopolyploid ( Mimulus peregrinus ), a resynthesized interspecies triploid hybrid ( M. robertsii ), a resynthesized allopolyploid ( M. peregrinus ), and diploid progenitors ( M. guttatus and M. luteus ). We show that subgenome expression dominance occurs instantly following the hybridization of two divergent genomes and that subgenome expression dominance significantly increases over generations. Additionally, CHH methylation levels are significantly reduced in regions near genes and within transposons in the first generation hybrid, intermediate in the resynthesized allopolyploid, and are repatterned differently between the dominant and submissive subgenomes in the natural allopolyploid. Our analyses reveal that the subgenome differences in levels of TE methylation mirror the increase in expression bias observed over the generations following the hybridization. These findings not only provide important insights into genomic and epigenomic shock that occurs following hybridization and polyploid events, but may also contribute to uncovering the mechanistic basis of heterosis and subgenomic dominance.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».