miRNAs Do Not Regulate Circadian Protein Synthesis in the Dinoflagellate Lingulodinium polyedrum
Notice bibliographique
Résumé
Dinoflagellates have been shown to express miRNA by bioinformatics and RNA blot (Northern) analyses. However, it is not yet known if miRNAs are able to alter gene expression in this class of organisms. We have assessed the possibility that miRNA may mediate circadian regulation of gene expression in the dinoflagellate Lingulodinium polyedrum using the Luciferin Binding Protein (LBP) as a specific example. LBP is a good candidate for regulation by miRNA since mRNA levels are constant over the daily cycle while protein synthesis is restricted by the circadian clock to a period of several hours at the start of the night phase. The transcriptome contains a potential DICER and an ARGONAUTE, suggesting the machinery for generating miRNAs is present. Furthermore, a probe directed against an abundant Symbiodinium miRNA cross reacts on Northern blots. However, L. polyedrum has no small RNAs detectable by ethidium bromide staining, even though higher plant miRNAs run in parallel are readily observed. Illumina sequencing of small RNAs showed that the majority of reads did not have a match in the L. polyedrum transcriptome, and those that did were almost all sense strand mRNA fragments. A direct search for 18-26 nucleotide long RNAs capable of forming duplexes with a 2 base 3' overhang detected 53 different potential miRNAs, none of which was able to target any of the known circadian regulated genes. Lastly, a microscopy-based test to assess synthesis of the naturally fluorescent LBP in single cells showed that neither double-stranded nor antisense lbp RNA introduced into cells by microparticle bombardment prior to the time of LBP synthesis were able to reduce the amount of LBP produced. Taken together, our results indicate that circadian control of protein synthesis in L. polyedrum is not mediated by miRNAs.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».