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Enregistrement W2575481974 · doi:10.1021/acs.jmedchem.6b01115

Binding and Proton Blockage by Amantadine Variants of the Influenza M2<sub>WT</sub> and M2<sub>S31N</sub> Explained

2017· article· en· W2575481974 sur OpenAlexafffund
Christina Tzitzoglaki, Anna K. Wright, Kathrin Freudenberger, Anja Hoffmann, Ian Tietjen, Ioannis Stylianakis, Felix Kolarov, David Fedida, Michaela Schmidtke, Günter Gauglitz, Timothy A. Cross, Antonios Kolocouris

Notice bibliographique

RevueJournal of Medicinal Chemistry · 2017
Typearticle
Langueen
DomaineChemistry
ThématiqueAdvanced NMR Techniques and Applications
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesNational Institute of General Medical SciencesNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesGrand Challenges Canada
Mots-clésChemistryIsothermal titration calorimetryProtonConductanceCrystallographyMolecular dynamicsBiophysicsAllosteric regulationLigand (biochemistry)StereochemistryComputational chemistryBiochemistryReceptor

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

While aminoadamantanes are well-established inhibitors of the influenza A M2 proton channel, the mechanisms by which they are rendered ineffective against M2 S31N are unclear. Solid state NMR, isothermal titration calorimetry, electrophysiology, antiviral assays, and molecular dynamics simulations suggest stronger binding interactions for aminoadamantanes to M2 WT compared to negligible or weak binding to M2 S31N . This is due to reshaping of the M2 pore when N31 is present, which, in contrast to wild-type (WT), leads (A) to the loss of the V27 pocket for the adamantyl cage and to a predominant orientation of the ligand’s ammonium group toward the N-terminus and (B) to the lack of a helical kink upon ligand binding. The kink, which reduces the tilt of the C-terminal helical domain relative to the bilayer normal, includes the W41 primary gate for proton conductance and may prevent the gate from opening, representing an alternative view for how these drugs prevent proton conductance.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,803

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,013
Tête enseignante GPT0,278
Écart entre enseignants0,265 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations21
Publié2017
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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