<i>TMEM230</i> is not a gene for Parkinson’s disease
Notice bibliographique
Résumé
Deng et al. report the discovery of TMEM230 c.422G>T (p.Arg141Leu) mutation as a cause of late-onset, autosomal dominant Parkinson's disease (PD) 1 in the same pedigree in which we previously assigned DNAJC13 c.2564A>G (p.Asn855Ser) as pathogenic 2. The chromosome 20pter-p12 locus was discovered by short tandem-repeat (STR) genotyping and linkage analysis, with subsequent exome sequencing in four affected (II-4, III-1, III-20 and III-26) and one unaffected family member.Deng et al. state the rationale for their re-analysis was the inconsistency of genotype-phenotype correlations for DNAJC13 c.2564A>G (p.Asn855Ser), this mutation being absent in three affected family members (II-1, III-1 and III-23).However, two of these suffer atypical parkinsonism; II-1 had clinical and pathologically-proven progressive supranuclear palsy, not Lewy body PD, whereas his son developed symptoms more than two decades earlier than the mean age at onset in the family.Based on haplotype and Sanger sequence analysis the authors' claim TMEM230 c.422G>T fully co-segregates with disease.Further discussion of these authors' claims is necessary.Our prior exome analysis of III-15 identified a DNAJC13 c.2564A>G (p.Asn855Ser) mutation but not TMEM230 c.422G>T (p.Arg141Leu) (Figure 1a).The exons of both genes had >30x sequence coverage and nucleotide sequences at both sites were confirmed by Sanger sequencing.In addition, our chromosome 20 STR marker genotyping, while consistent with parental/sibling haplotypes and Mendelian inheritance (Figure 1a) shows the genotyping presented by Deng et al. is erroneous for two individuals; III-14 at age 75 years is an unaffected carrier of TMEM230 c.422G>T (p.Arg141Leu) whereas III-15 is wild-type (Figure 1a, compare with Supplementary Fig. 1
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».