The Complete Genome Sequence of a Second Distinct Betabaculovirus from the True Armyworm, Mythimna unipuncta
Notice bibliographique
Résumé
The betabaculovirus originally called Pseudaletia (Mythimna) sp. granulovirus #8 (MyspGV#8) was examined by electron microscopy, host barcoding PCR, and determination of the nucleotide sequence of its genome. Scanning and transmission electron microscopy revealed that the occlusion bodies of MyspGV#8 possessed the characteristic size range and morphology of betabaculovirus granules. Barcoding PCR using cytochrome oxidase I primers with DNA from the MyspGV#8 collection sample confirmed that it had been isolated from the true armyworm, Mythimna unipuncta (Lepidoptera: Noctuidae) and therefore was renamed MyunGV#8. The MyunGV#8 genome was found to be 144,673 bp in size with a nucleotide distribution of 49.9% G+C, which was significantly smaller and more GC-rich than the genome of Pseudaletia unipuncta granulovirus H (PsunGV-H), another M. unipuncta betabaculovirus. A phylogeny based on concatenated baculovirus core gene amino acid sequence alignments placed MyunGV#8 in clade a of genus Betabaculovirus. Kimura-2-parameter nucleotide distances suggested that MyunGV#8 represents a virus species different and distinct from other species of Betabaculovirus. Among the 153 ORFs annotated in the MyunGV#8 genome, four ORFs appeared to have been obtained from or donated to the alphabaculovirus lineage represented by Leucania separata nucleopolyhedrovirus AH1 (LeseNPV-AH1) during co-infection of Mythimna sp. larvae. A set of 33 ORFs was identified that appears only in other clade a betabaculovirus isolates. This clade a-specific set includes an ORF that encodes a polypeptide sequence containing a CIDE_N domain, which is found in caspase-activated DNAse/DNA fragmentation factor (CAD/DFF) proteins. CAD/DFF proteins are involved in digesting DNA during apoptosis.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».