Major Histocompatibility Class II (MHCII) and Germinal Center Associated Gene Expression Correlate with Overall Survival in Ritiximab and CHOP-Like Treated Diffuse Large B Cell Lymphoma (DLBCL) Patients Using Formalin Fixed Paraffin Embedded (FFPE) Tissues.
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Large studies using snap frozen tissue for gene expression profiling (GEP) have identified a limited number of genes predicting outcome in DLBCL treated with CHOP alone (17 genes from Rosenwald et al NEJM 2002, 13 from Shipp et al, Nat Med 2002, 6 from Lossos et al, NEJM 2004, 2 from Tome et al, Blood 2005). Our objective was to test the prognostic value of these genes (38 total, 36 different genes) using FFPE tissues and compare results from patients treated with CHOP or CHOP-like regimen alone (C) (N=93) to those treated with CHOP + rituximab (R) (N=101). We used a multiplexed quantitative nuclease protection assay, the ArrayPlate (High Throughput Genomics), to measure mRNA levels reliably in FFPE samples as recently described. (Roberts et al, Lab Invest, ePub, 13 Aug 2007). Of 194 cases attempted, there was only 1 that did not result in adequately detectable signal. Univariate associations between gene levels and patient OS were performed using Cox proportional hazard regression models. For C alone cases, gene expression levels were significantly correlated with overall survival (OS) at p < 0.05 for 15/36 prognostic genes including the MHCII genes HLA-DR and HLA-DP, as well as C-MYC, BCL-6, BCL-2 and ten other genes. These genes represented all 4 Rosenwald prognostic signatures, 3/6 of Lossos genes, and 4/13 Shipp genes. In the R-treated cases, 8/36 genes correlated with OS including HLA-DR and HLA-DQ, the germinal center B-cell (GCB) genes BCL-6, and SERPINA9 as well as C-MYC, PLAU, PDCD4, and MnSOD. Again, all 4 Rosenwald signatures were represented. In our assay, genes that represent key gene expression signatures previously identified as the most prognostically important in large discovery-oriented GEP experiments were significantly associated with patient OS using FFPE tissues and retained significance in the R-treated patients, suggesting that previous findings remain relevant in the R-CHOP era. For most genes in both treatment groups, the estimated hazard ratios tended in the direction originally predicted, suggesting these genes would be significantly related to survival in a larger, more powered study. Previous studies have relied on unfixed, snap-frozen tissues which are available only in a minority of patients for GEP or quantitative RT-PCR measurements of mRNA expression. The ArrayPlate assay can assess prognostic genes in patients for which only FFPE material is available, is highly correlated with discovery microarray results, and should be easily adaptable as more prognostic genes are identified. Importantly, previously identified prognostically important genes such as MHCII and GCB genes remain correlated with survival in the R-CHOP treatment era.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».