Mechanism of catalysis, E2 recognition, and autoinhibition for the IpaH family of bacterial E3 ubiquitin ligases
Notice bibliographique
Résumé
IpaH enzymes are secreted bacterial effectors that function within host cells as E3 ubiquitin (Ub) ligases. Catalytic activity is imparted by a conserved novel E3 ligase (NEL) domain that is unique to Gram-negative pathogens and whose activity is repressed by a flanking substrate-binding leucine-rich repeat (LRR) domain when substrate is absent. How the NEL domain catalyzes the conjugation of Ub onto substrates, recognizes host E2s, and maintains its autoinhibited state remain poorly understood. Here we used mutagenesis and enzyme kinetic analyses to address these gaps in knowledge. Mutagenesis of conserved residues on two remote surfaces of the NEL domain identified functional clusters proximal to and distal to the active site cysteine. By analyzing the kinetics of Ub charging and discharging, we identified proximal active site residues that function as either the catalytic acid or catalytic base for aminolysis. Further analysis revealed that distal site residues mediate the direct binding of E2. In studying the full-length protein, we also have uncovered that IpaH family autoinhibition is achieved by a short-circuiting mechanism wherein the LRR domain selectively blocks productive aminolysis, but not the nonproductive discharge of Ub from the E3 to solvent. This mode of autoinhibition, which is not shared by the HECT domain ligase Smurf2, leads to the unanticipated depletion of E2∼Ub and thus a concomitant dominant-negative effect on other E3s in vitro, raising the possibility that short circuiting also may serve to restrict the function of host E3s in cells.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».