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Enregistrement W2581184152 · doi:10.1186/s12977-017-0330-0

Identification of small molecule modulators of HIV-1 Tat and Rev protein accumulation

2017· article· en· W2581184152 sur OpenAlexafffund
Ahalya Balachandran, Raymond Wong, Peter Stoilov, Sandy Pan, Benjamin J. Blencowe, Peter K. Cheung, P. Richard Harrigan, Alan Cochrane

Notice bibliographique

RevueRetrovirology · 2017
Typearticle
Langueen
DomaineImmunology and Microbiology
ThématiqueHIV Research and Treatment
Établissements canadiensAIDS VancouverUniversity of British ColumbiaCanada Research ChairsUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health Research
Mots-clésGene expressionRNA splicingGeneBiologyViral replicationRNAMessenger RNAMolecular biologyMG132Regulation of gene expressionCell biologyProteasomeVirusChemistryProteasome inhibitorGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: HIV-1 replication is critically dependent upon controlled processing of its RNA and the activities provided by its encoded regulatory factors Tat and Rev. A screen of small molecule modulators of RNA processing identified several which inhibited virus gene expression, affecting both relative abundance of specific HIV-1 RNAs and the levels of Tat and Rev proteins. RESULTS: The screen for small molecules modulators of HIV-1 gene expression at the post-transcriptional level identified three (a pyrimidin-7-amine, biphenylcarboxamide, and benzohydrazide, designated 791, 833, and 892, respectively) that not only reduce expression of HIV-1 Gag and Env and alter the accumulation of viral RNAs, but also dramatically decrease Tat and Rev levels. Analyses of viral RNA levels by qRTPCR and RTPCR indicated that the loss of either protein could not be attributed to changes in abundance of the mRNAs encoding these factors. However, addition of the proteasome inhibitor MG132 did result in significant restoration of Tat expression, indicating that the compounds are affecting Tat synthesis and/or degradation. Tests in the context of replicating HIV-1 in PBMCs confirmed that 791 significantly reduced virus replication. Parallel analyses of the effect of the compounds on host gene expression revealed only minor changes in either mRNA abundance or alternative splicing. Subsequent tests suggest that 791 may function by reducing levels of the Tat/Rev chaperone Nap1. CONCLUSIONS: The three compounds examined (791, 833, 892), despite their lack of structural similarity, all suppressed HIV-1 gene expression by preventing accumulation of two key HIV-1 regulatory factors, Tat and Rev. These findings demonstrate that selective disruption of HIV-1 gene expression can be achieved.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,355
Score d'incertitude au seuil0,267

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,027
Tête enseignante GPT0,292
Écart entre enseignants0,265 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations40
Publié2017
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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