Potential molecular consequences of transgene integration: The R6/2 mouse example
Notice bibliographique
Résumé
Integration of exogenous DNA into a host genome represents an important route to generate animal and cellular models for exploration into human disease and therapeutic development. In most models, little is known concerning structural integrity of the transgene, precise site of integration, or its impact on the host genome. We previously used whole-genome and targeted sequencing approaches to reconstruct transgene structure and integration sites in models of Huntington's disease, revealing complex structural rearrangements that can result from transgenesis. Here, we demonstrate in the R6/2 mouse, a widely used Huntington's disease model, that integration of a rearranged transgene with coincident deletion of 5,444 bp of host genome within the gene Gm12695 has striking molecular consequences. Gm12695, the function of which is unknown, is normally expressed at negligible levels in mouse brain, but transgene integration has resulted in cortical expression of a partial fragment (exons 8-11) 3' to the transgene integration site in R6/2. This transcript shows significant expression among the extensive network of differentially expressed genes associated with this model, including synaptic transmission, cell signalling and transcription. These data illustrate the value of sequence-level resolution of transgene insertions and transcription analysis to inform phenotypic characterization of transgenic models utilized in therapeutic research.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».