An Unbalanced Exon-Expression qPCR-based Assay for Detection of ALK Translocation (Fusion) in Lung Cancer
Notice bibliographique
Résumé
Non-Small Cell Lung Cancer (NSCLC) constitutes 85-90% of all lung cancer.Accurate diagnosis and selection of targeted therapies in lung cancer depends on robust detection of the molecular events that underlie its pathogenesis.Since patients having a rearrangement in the Anaplastic Lymphoma Kinase (ALK) gene respond well to treatment with crizotinib, identification of such ALK mutations is necessary for the successful treatment of NSCLC.The most common rearrangement of the ALK gene in NSCLC involves fusion with echinoderm microtubule-associated protein-like 4 (EML 4) as the upstream partner.Current testing methods for this rearrangement (IHC and/or FISH) can be very subjective due to high operator variability.They require expert interpretation by a pathologist and have a long turnaround time.The FDAapproved Fluorescence In Situ Hybridization (FISH) test has been shown to lack sensitivity and is generally acknowledged to fail to detect rearrangements in up to 60% of patients.Here, we have adapted an approach described earlier and optimized it for use with degraded RNA obtained from Formalin-Fixed Paraffin-Embedded (FFPE) sections.This method is based on the unbalanced expression of 5'-and 3'-regions (exons) of the ALK gene.It is also applicable to the detection of other cancer-relevant gene rearrangements e.g.ROS 1 or RET that result in increased expression of the 3'-kinase domain.Patients with these rearrangements have been shown to respond to crizotinib and cabozantinib, respectively.Using NSCLC cell lines we demonstrate that our method is cost-effective, reproducible, sensitive, objective, and easy to use.Unlike FISH, it does not require interpretation by several scorers and it can be performed in any clinical laboratory with access to a qPCR instrument.Here we present the protocol for the method and validation with 197 clinical samples.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».