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Enregistrement W2582067464 · doi:10.1371/journal.pone.0236580

Molecular profiling of non-small cell lung cancer

2020· article· en· W2582067464 sur OpenAlexafffund
Marika L. Forsythe

Notice bibliographique

RevuePLoS ONE · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueLung Cancer Treatments and Mutations
Établissements canadiensDalhousie University
Organismes subventionnairesPfizer CanadaBoehringer Ingelheim CanadaPfizerRoche Canada
Mots-clésProfiling (computer programming)Lung cancerMedicineComputer sciencePathology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Lung cancer is generally treated with conventional therapies, including chemotherapy and radiation. These methods, however, are not specific to cancer cells and instead attack every cell present, including normal cells. Personalized therapies provide more efficient treatment options as they target the individual's genetic makeup. The goal of this study was to identify the frequency of causal genetic mutations across a variety of lung cancer subtypes in the earlier stages. 833 samples of non-small cell lung cancer from 799 patients who received resection of their lung cancer, were selected for molecular analysis of six known mutations, including EGFR, KRAS, BRAF, PIK3CA, HER2 and ALK. A SNaPshot assay was used for point mutations and fragment analysis searched for insertions and deletions. ALK was evaluated by IHC +/- FISH. Statistical analysis was performed to determine correlations between molecular and clinical/pathological patient data. None of the tested variants were identified in most (66.15%) of cases. The observed frequencies among the total samples vs. only the adenocarcinoma cases were notable different, with the highest frequency being the KRAS mutation (24.49% vs. 35.55%), followed by EGFR (6.96% vs. 10.23%), PIK3CA (1.20% vs. 0.9%), BRAF (1.08% vs. 1.62%), ALK (0.12% vs. 0.18%), while the lowest was the HER2 mutation (0% for both). The statistical analysis yielded correlations between presence of a mutation with gender, cancer type, vascular invasion and smoking history. The outcome of this study will provide data that helps stratify patient prognosis and supports development of more precise treatments, resulting in improved outcomes for future lung cancer patients.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,030
Tête enseignante GPT0,292
Écart entre enseignants0,262 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2
Publié2020
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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