Nutritional Models of Experimentally-Induced Subacute Ruminal Acidosis (SARA) Differ in Their Impact on Rumen and Hindgut Bacterial Communities in Dairy Cows
Notice bibliographique
Résumé
Effects of subacute ruminal acidosis (SARA) challenges on the bacteria in rumen fluid, cecal digesta, and feces of dairy cows were determined using 454 pyrosequencing and real-time quantitative PCR. Six non-lactating Holstein cows with cannulas in the rumen and cecum were used in a 3 × 3 Latin square arrangement of treatments. During the first 3 wk of each experimental period, cows received a control diet containing 70% forages on a dry matter (DM) basis. In wk 4 of each period, cows received one of three diets: 1) the control diet; 2) a diet in which 34% of the dietary DM was replaced with pellets of ground wheat and barley (GBSC); or 3) a diet in which 37% of dietary DM was replaced with pellets of ground alfalfa (APSC). Rumen fluid, cecal digesta and feces were collected on d 5 of wk 4 of each period and the composition of the bacterial community was studied. Rumen fermentation responses were reported in a companion study. Both SARA-inducing challenges resulted in similar digesta pH depressions (as shown by the companion study), and reduced bacterial richness and diversity in rumen fluid, but GBSC had the larger effect. None of the challenges affected these measures in cecal digesta, and only GBSC reduced bacterial richness and diversity in feces. Only GBSC reduced the abundance of Bacteroidetes in rumen fluid. Associations among the abundances of the gram-negative bacterial phyla and the concentrations of free lipopolysaccharide endotoxin reported in the companion study in the rumen could not be established. Effects of the GBSC on the abundances of bacterial genera identified by pyrosequencing in the rumen, cecum and feces were limited. The APSC did not affect any of these abundances. Both challenges increased the abundances of several starch, pectin, xylan, dextrin, lactate, succinate, and sugar fermenting bacterial species in the rumen, cecum, and feces as determined by qPCR. Only GBSC increased that of Megasphaera elsdenii in the rumen. Both challenges decreased the abundance of Streptococcus bovis, and increased that of Escherichia coli, in cecal digesta and feces, with GBSC having the larger effect. These results showed that the
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».