Partitioning the heritability of coronary artery disease highlights the importance of immune-mediated processes and epigenetic sites associated with transcriptional activity
Notice bibliographique
Résumé
AIMS: With the availability of genome-wide genotype data from GWAS studies, it is now possible to compute the genetic relatedness among individuals and estimate its contribution (SNP-based heritability) to phenotypic variance using Mixed-Linear-Models (MLMs). The estimated heritability can be partitioned according to biological features to gain insight into the genetic architecture of a disease. Here, we aimed to examine the genetic structure of coronary artery disease (CAD). METHODS AND RESULTS: We investigated the genetic structure of CAD using 3,163,082 autosomal genome-wide SNPs (MAF ≥ 0.01) and MLMs in a sample of genetically 'unrelated' 4535 cases and 2977 controls. We find that genome-wide SNPs explain 22% of liability to CAD (55% of narrow-sense heritability) and sex-differences in CAD is not due to common SNPs on autosomal chromosomes. Heritability was proportionally distributed across the allele frequency spectrum and notably enriched among genic SNPs. We identified a number of modules that are significantly associated with CAD including: Dendritic cells stimulation; Basigin interactions; and a Cancer module. Of note, genes involved in inflammation account for one-fifth of SNP-based heritability. Heritability-enrichment analysis showed significant enrichment in epigenetic sites associated with transcriptionally activity; namely, enhancers, H3K9ac/H3K27ac/H3K4me1/H3K4me3 histone modifications, and Fetal DNase I hypersensitivity sites whereas heritability was highly depleted in transcriptionally repressed regions. CONCLUSIONS: More individual SNP associations will be detected for CAD as sample size increases. The identified modules provide further biological insight for CAD and highlight the importance of immune-mediated processes in CAD pathogenesis. Finally, we showed that genetic liability to CAD is mainly attributed to epigenetic sites associated with transcriptional activity which encourage the design of custom sequencing/genotyping panels based on transcriptionally active regions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,003 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».