Application of the Luminex Platform for Multiplexed Genotyping of Non-Deletional Alpha Thalassemia Mutations.
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Objectives: Certain point mutations in the alpha globin gene may lead to unstable hemoglobins such as Hb Constant-Spring and Hb Quong-Sze. These alpha chain variants, when inherited with deletional α-thalassemia mutations cause more severe forms of HbH disease. To evaluate the utility of the Luminex xMAP platform for rapid screening of non-deletional α-thalassemia mutations, we developed a multiplexed genotyping assay to detect six mutations in the α2-globin gene. that are clinically significant or, when coinherited with α-thalassemia-1, result in HbH disease. Methods: A panel of positive controls with known heterozygosity for Hb Constant-Spring, Hb Quong-Sze, Hb J-Toronto, Hb Hasharon, Hb G-Philadelphia and Hb G-Norfolk, was obtained from anonymized whole blood or newborn dried blood spots. The α2 gene was amplified using nested PCR and single base chain extension (SBCE) was carried out using the PCR products, capture-tagged primers, thermosequenase, and one of four biotinylated ddNTPs. Biotinylated amplicons were hybridized to fluorescent microspheres containing allele-specific capture probes and analyzed by flow cytometry on the Luminex100. Results: Median flourescent intensity (MFI) values uniformly discriminated between wild type and mutant alleles in three independent experiments. Mean background-subtracted MFIs ranged from 255 to 1000 for all positive alleles and genotypes were correctly identified in all of the samples tested. Conclusions: As HbH disease is becoming more prevalent in the U.S., early detection of this disorder using accurate, affordable diagnostic methods will permit timely delivery of health care and prevention of severe clinical manifestations of disease. As the severity of many of these disorders has not been well-characterized, an understanding the phenotypic expression of these hemoglobin disorders is essential to providing adequate counseling and treatment options.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».