Endosymbiotic Gene Transfer in the Nucleomorph containing organisms Bigelowiella natans and Guillardia theta
Notice bibliographique
Résumé
Mitochondria and chloroplasts are eukaryotic organelles that were acquired through endosymbiosis. In the case of the mitochondrion, a heterotrophic cell engulfed and retained an alpha-proteobacterium. The engulfed bacterium, or endosymbiont, underwent extensive cellular and genetic integration with its host, thereby becoming an organelle. Chloroplasts are derived from the engulfment and retention of a photosynthetic cyanobacterium that also experienced loss of cellular functions and genetic material. Although mitochondria and chloroplasts retain their own genomes, most of the proteins that function in these organelles are encoded by genes that were transferred to the nucleus in a process known as Endosymbiotic Gene Transfer (EGT).\n\nChloroplasts in plants, green algae and red algae are known as primary plastids. Other photosynthetic organisms have secondary plastids that were acquired by engulfing and retaining a primary plastid-bearing alga. In the process, the nucleus of the engulfed alga underwent EGT (and presumably gene loss) to such an extent that it disappeared completely except in two lineages, cryptophytes and chlorarachniophytes, which retain a highly reduced and miniaturized form known as a nucleomorph. \n\nTo understand the process of EGT and endosymbiosis in general, the nuclear genomes of the cryptophyte Guillardia theta and the chlorarachniophyte Bigelowiella natans were sequenced. In the case of G. theta its nucleomorph is of red algal origin while the nucleomorph of B. natans is derived from a green algal endosymbiont. \n\nPrior to the nuclear genome projects the genomes of the three organelles – plastid, mitochondrion, nucleomorph – had already been sequenced. This allowed investigation of recent transfers of organellar DNA to the nucleus. Mitochondrial transfers to the nucleus are still occurring in both organisms but transfers of plastid and nucleomorph DNA are not. The nucleomorph genomes of B. natans and G. theta appear ‘frozen’, unable to undergo EGT and thus unable to disappear as they have in all other lineages with secondary plastids. The creation of a spliceosomal intron from transferred organellar DNA was investigated.\n\nI also investigated nuclear genes whose encoded proteins appear to function in the mitochondrion. 833 putatively mitochondrial targeted proteins were identified in G. theta and 720 in B. natans.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».