The Evolution and Functional Diversification of the Deubiquitinating Enzyme Superfamily
Notice bibliographique
Résumé
Ubiquitin and ubiquitin-like molecules are attached to and removed from cellular proteins in a dynamic and highly regulated manner. Deubiquitinating enzymes are critical to this process, and the genetic catalogue of deubiquitinating enzymes expanded greatly over the course of evolution. Extensive functional redundancy has been noted among the 93 members of the human deubiquitinating enzyme (DUB) superfamily. This is especially true of genes that were generated by duplication (termed paralogs) as they often retain considerable sequence similarity. Because complete redundancy in systems should be eliminated by selective pressure, we theorized that many overlapping DUBs must have significant and unique spatiotemporal roles that can be evaluated in an evolutionary context. We have determined the evolutionary history of the entire class of deubiquitinating enzymes, including the sequence and means of duplication for all paralogous pairs. To establish their uniqueness, we have investigated cell-type specificity in developmental and adult contexts, and have investigated the coemergence of substrates from the same duplication events. Our analysis has revealed examples of DUB gene subfunctionalization, neofunctionalization, and nonfunctionalization.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».