Genetic Polymorphisms of Methylenetetrahydrofolate Reductase Genes and Diffuse Large B-Cell Lymphoma Risk in Middle Eastern Population.
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Diffuse large B-Cell Lymphoma (DLBCL) is one of the most common non-Hodgkin lymphoma types and increased incidence has also been reported during the past 30 years. Methylenetetrahydrofolate (MTHFR) balances the pool of folate coenzymes in one carbon metabolism of DNA synthesis and methylation, both are implicated in carcinogenesis of many types of cancer including lymphoma. Two common variants in the MTHFR gene (C677T and A1298C) have been associated with reduced enzyme activity, thereby making MTHFR polymorphisms a potential candidate caner predisposing factor. These genetic differences are highly race specific and have never been screened in the Saudi DLBCL patients. We conducted hospital-based case control study in the Saudi DLBCL patients. To evaluate the MTHFR C677T and A1298C functional polymorphisms in the MTHFR gene and their association with Saudi DLBCL risk. A hospital based case control study was conducted on a Saudi population- which is known for their genetic homogeneity and high consanguinity- consisting of 187 histologically confirmed DLBCL cases and 513 Saudi controls without a history of cancer. A PCR-RFLP method was used for MTHFR polymorphism genotyping. Data showed that Saudi individuals carrying MTHFR 1298 CC genotype (p<0.001) and genotypes carrying MTHFR 1298C allele (p= 0.012) had 4.23 and 1.73-fold higher risk of developing DLBCL, respectively. Additionally, combined genotype CCCC (MTHFR 677CC+ MTHFR 1298CC) among intermediate MTHFR activity group was associated with 3.489 fold and CTCC (MTHFR 677 CT + 1298CC) among low MTHFR activity group was related to 9.515 fold higher risk, compared with full MTHFR enzyme activity. Our findings suggest that polymorphisms of MTHFR enzyme genes support for the important role of folate metabolism in lymphomagenesis and may be associated with the individual susceptibility to develop DLBCL in Saudi Arabian population. Table 1 Distribution of MTHFR polymorphisms in healthy population and lymphoma patients. Polymorphism Genotype Control group Lymphoma patients p -Methylenetetrahydrofolate reductase (MTHFR) MTHFR C677T CC 372 (72.8%) 109 (68.1%) CT 126 (24.7%) 45 (28.1%) 0.346 1.219 TT 13 (2.5%) 6 (3.8%) 0.404 1.575 CT+TT 139 (27.2%) 51 (31.9%) 0.269 1.252 MTHFR A1298C AA 239 (46.8%) 38 (33.6%) AC 220 (43.1%) 40 (35.4%) 0.625 1.144 CC 52 (10.2%) 35 (31%) <0.001 4.233 AC+CC 272 (53.2%) 75 (66.4%) 0.012 1.734 Table 2 Distribution of combined C677T and A1298C MTHFR genotypes in case and control group. Genotype Control Case p OR ND=Not detected Full Activity group CCAA 157 (30.8%) 22 (27.8%) Intermediate Activity group CCAC 169 (33.2%) 28 (35.4%) 0.649 1.182 CCCC 45 (8.8%) 22 (27.8%) <0.001 3.489 CTAA 69 (13.6%) 13 (16.5%) 0.439 1.345 TOTAL 283 63 0.104 1.589 Low Activity Group CTAC 50 (9.8%) 5 (6.3%) 0.634 0.714 CTCC 6 (1.2%) 8 (10.1%) <0.001 9.515 TTAA 12 (2.4%) 1 (1.3%) 1 0.595 TTAC 0 2 (2.5%) 0.017 ND TTCC 1 (0.2%) - - - TOTAL 69 16 0.189 1.655 Intermediate + Low 352 (69.1%) 79 0.073 1.602
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».