Time-resolved Phosphoproteome Analysis of Paradoxical RAF Activation Reveals Novel Targets of ERK
Notice bibliographique
Résumé
Small molecules targeting aberrant RAF activity, like vemurafenib (PLX4032), are highly effective against cancers harboring the V600E BRAF mutation and are now approved for clinical use against metastatic melanoma. However, in tissues showing elevated RAS activity and in RAS mutant tumors, these inhibitors stimulate RAF dimerization, resulting in inhibitor resistance and downstream "paradoxical" ERK activation. To understand the global signaling response of cancer cells to RAF inhibitors, we profiled the temporal changes of the phosphoproteome of two colon cancer cell lines (Colo205 and HCT116) that respond differently to vemurafenib. Comprehensive data mining and filtering identified a total of 37,910 phosphorylation sites, 660 of which were dynamically modulated upon treatment with vemurafenib. We established that 83% of these dynamic phosphorylation sites were modulated in accordance with the phospho-ERK profile of the two cell lines. Accordingly, kinase substrate prediction algorithms linked most of these dynamic sites to direct ERK1/2-mediated phosphorylation, supporting a low off-target rate for vemurafenib. Functional classification of target proteins indicated the enrichment of known (nuclear pore, transcription factors, and RAS-RTK signaling) and novel (Rho GTPases signaling and actin cytoskeleton) ERK-controlled functions. Our phosphoproteomic data combined with experimental validation established novel dynamic connections between ERK signaling and the transcriptional regulators TEAD3 (Hippo pathway), MKL1, and MKL2 (Rho serum-response elements pathway). We also confirm that an ERK-docking site found in MKL1 is directly antagonized by overlapping actin binding, defining a novel mechanism of actin-modulated phosphorylation. Altogether, time-resolved phosphoproteomics further documented vemurafenib selectivity and identified novel ERK downstream substrates.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».