P793 Microbial composition in IBD may influence clinical symptoms independent of endoscopic activity
Notice bibliographique
Résumé
Background: Symptoms in inflammatory bowel disease (IBD) do not consistently mirror endoscopic activity. The aim of this study is to determine if there is a relationship between mucosal microbiome composition and clinical activity. Methods: IBD patients and healthy controls (HC) were recruited from a tertiary IBD centre on the day of colonoscopy. Clinical and patient demographic data were recorded and mucosal biopsies obtained. Quiescent IBD was defined as Mayo 0 or SES-CD 0–2, mild as Mayo 1 or SES-CD 3–5, moderate to severe as Mayo >2 or SES-CD >6. Clinical activity was defined as partial Mayo score >3 or CDAI >220. Bacterial DNA from biopsies was extracted and the V4 region of 16s rRNA sequenced by Miseq and processed using the QIIME v1.9 pipeline. Alpha diversity was calculated using Chao1 index after rarefaction at 8,500 reads per sample prior to analysis and associations addressed using parametric t-test. Principle coordinate analysis was conducted using Bray-Curtis as the beta diversity metric and significance tested using an Adonis test after 1000 permutation on the first 3 PCoA axes. Taxa analysis was assessed using Kruskal Wallis test or Spearman correlation. Results: 225 IBD patients and 48 HC were recruited. Sigmoid biopsies from patientswith moderate to severe endoscopic disease were analysed initially. Measures of beta and alpha diversity were similar in clinically active patients (n=51) relative to clinical remission (n=32). Taxa analysis showed reduced relative abundance (RA) of Gammaproteobacteria, Coriobacteria and Fusobacteria (0.01<q<0.04) in asymptomatic relative to clinically active patients. Increasing RA of Actinobacteria micrococcaceae correlated with increasing CDAI and partial Mayo scores (p=0.001, coefficient=0.34). In contrast, microbiome composition in quiescent IBD was compared in patients with (n=12) and without clinical activity (n=65) and to HC (n=48). HC had greater Chao1 alpha diversity (q=0.003) when compared to IBD. Among IBD patients, Fusobacteriaceae RA was increased patients reporting symptoms despite endoscopic remission (q=0.02). Symptomatic patients have greater RA of Bacteroidaceae (q=0.004), Fusobacteria (q=0.004) and Actinobacteria (q=0.01) relative to clinical remission. Conclusions: In IBD patients with and without mucosal healing, increasing clinical symptoms correlated with greater abundance of bacteria including Actinobacteria and Fusobacteria. The relationship between inflammation and intestinal dysbiosis remains unclear. These data suggest an association between specific taxa and clinical symptoms in active and quiescent IBD and may help to further explain why there may be poor correlation between clinical and endoscopic activity.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».