T Cells of Patients with Myelodysplastic Syndrome Are Frequently Derived From the Malignant Clone
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Abstract 2808 T cell clonality is a common finding in myelodysplastic syndromes (MDS), but is believed to be a reactive phenomenon. We compared copy number abnormalities in matched CD34+ progenitor cells and CD3+ T cells from 40 MDS patients by array comparative genomic hybridization. In 9 of 14 patients with large copy number variants, we detected the same aberration in CD34+ and CD3+ cells. Chromosome 20q (2 patients), isodicentric × chromosome (2 patients), trisomy 8 (2 patients), 11q abnormalities (1 patient), deletion 5q (1 patient) and partial trisomy 9 with trisomies 19 and 22 (1 patient) were detected in the CD34+ and CD3+ cells of these patients. The presence of deletion 20q, trisomy 8 and deletion of chromosome arm 11q in the T cells of 3 patients was confirmed by FISH. Multiplex PCR for TCR γ rearrangement was performed on 6 of the 14 MDS patients with large copy number variants. T cell clonality was detected in 3 of 4 and oligoclonality in 1 of 4 patients when the copy number variant was present in both CD34+ and CD3+ cells. In contrast, the 2 cases lacking the CD34+ copy number variant in the CD3+ population were polyclonal at the TCR γ locus. These data suggest that in a large proportion of MDS at least a proportion of the T cells are part of the malignant clone, and that CD3+ cells do not represent an appropriate patient normal control for genome-wide studies. Disclosures: No relevant conflicts of interest to declare.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».