DOP007 Crohn's disease exclusion diet and partial enteral nutrition (CDED+PEN) vs exclusive enteral nutrition (EEN). Microbiome changes of a randomized clinical trial (RCT) in pediatric CD: remission is associated with similar structural + functional profiles
Notice bibliographique
Résumé
Background: EEN is able to induce remission in CD patients, but can be difficult to maintain. A novel dietary intervention that combines partial enteral nutrition with an exclusion diet, that excludes foods proposed to trigger dysbiosis and inflammation (CDED+PEN) has been shown effective. We aim to compare the gut microbiome of CD participants in a prospective RCT comparing these diets, and to assess whether microbiome profiles can identify subgroups that are able to sustain remission. Methods: 24 pediatric patients received either CDED + 50% Modulen for 6 weeks, then CDED+25% Modulen for 6 weeks (Group 1) or EEN with Modulen for 6 weeks followed by free diet plus 25% Modulen (Group 2). Remission was present in 11 /14 (78.5%) in Group 1, and 8/10 (80%) in Group 2. One patient from Group 1 relapsed by week 12. DNA from fecal samples collected at three time points (baseline, w6 and w12) was sequenced for 16S and whole metagenome. Taxonomic composition was inferred from 16S (QIIME) and from metagenomes (Metaphlan) and inferred for function (Diamond/HUMAnN). Results: Both interventions induced an increase in alpha diversity by w12. EEN patients experienced a transient reduction in diversity at w6, whereas CDED+PEN did not. Taxonomic and functional profiles were similar by w12. Pooling the results for both diets, the taxonomic composition of the 18 patients who sustained remission differed significantly from the 6 patients who did not. Twenty-two 16S-derived operational taxonomic units had different relative abundance (p≤0.05), with a subgroup of eleven identified according to a false discovery threshold (q-value) of 0.15. Similar taxonomic results were inferred from the metagenome. Analysis of the functional repertoire yielded a similar pattern; 1811 genes differed between patients who sustained remission and those who did not, with 711 identified according to q-value <0.05. To confirm that these results (taxonomic and functional) were not being driven by the signal associated with a single diet, we separately compared the remission patients for each diet to the pooled set of patients who did not maintain remission. Results were consistent for both diets, but with slightly smaller subgroups of genes. Supervised modeling is currently underway to investigate if functional and taxonomic profiles can be exploited to predict patient outcomes. Conclusions: Microbiome changes induced by CDED+PEN 50% are comparable with EEN in a pediatric RCT with active CD. Remission achieved with either dietary intervention is associated with similar structural and functional profiles.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,008 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».