P789 Microbiome composition is altered in patients with IBD independent of endoscopic activity
Notice bibliographique
Résumé
Background: Genetic and microbial heterogeneity in inflammatory bowel disease (IBD) are likely important in pathogenesis and in determining phenotype classification into: Crohn's disease (CD), ulcerative colitis (UC) and IBD unclassified (IBDU). This study aims to characterise intestinal mucosal microbial profiles and potential association with IBD phenotypic characteristics. Methods: IBD patients and healthy controls (HC) were recruited from a tertiary care IBD center on the day of colonoscopy performed for disease activity assessment. Clinical and demographic data were recorded. Quiescent IBD was defined as partial Mayo 0 or SES-CD 0–2. Amplicon sequencing of the V4 region of 16s rRNA bacterial DNA was completed on Illumina MiSeq platform and sequences processed using the QIIME pipeline. Alpha diversity was calculated using Chao1 index after rarefaction at 8,500 reads per sample and associations addressed using parametric t-test. Principle coordinate analysis was conducted using Bray-Curtis as the beta diversity metric and significance tested using Adonis test. Taxa analysis was completed with Kruskal Wallis test. Results: 263 sigmoid colon biopsies (UC n=101, CD n=96, HC n=48) were analysed. HC showed separation of beta diversity (p<0.001, R<0.15) and greater alpha diversity (0.001<p<0.04) than quiescent CD (n=31), and quiescent UC (n=37) respectively. In HC, taxa analysis identified increased Firmicutes (q=0.001), and reduced Fusobacteria relative abundance (RA) (q=0.04) and at genus level, reduced Actinobacteria microbacteria RA (q<0.04) relative to quiescent UC and CD. We also compared microbiome profiles between IBD phenotypes. In quiescent disease, patients with CD involving the colon clustered with UC patients on a PCoA plot with no significant differences in taxa, however alpha diversity was reduced in CD relative to UC. Patients with endoscopic activity and remission were subsequently combined. CD patients had persistent reduced alpha diversity (p=0.0004), and also weak separation from UC patients by beta diversity metrics (q<0.02, R=0.01). Taxa analysis identified a trend of increased Fusobacteria and Proteobacteria RA (q=0.059), and reduced Coribactericeae adlercreutzia RA in colonic CD compared with UC (q=0.03). Conclusions: IBD patients have altered microbiome profiles relative to HC in active and quiescent disease, although histological activity was not captured here. Both UC and CD phenotypes had reduced Firmicutes and increased Actinobacteria abundance relative to HC, indicating microbiome dysbiosis in the absence of endoscopic activity. We show reduced alpha diversity in CD phenotypes relative to UC despite no difference in taxa of quiescent patients.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».