Comparative Study of the Collective Dynamics of Proteins and Inorganic Nanoparticles
Notice bibliographique
Résumé
Molecular dynamics simulations of ubiquitin in water/glycerol solutions are used to test the suggestion by Karplus and coworkers that proteins in their biologically active state should exhibit a dynamics similar to 'surface-melted' inorganic nanoparticles (NPs). Motivated by recent studies indicating that surface-melted inorganic NPs are in a 'glassy' state that is an intermediate dynamical state between a solid and liquid, we probe the validity and significance of this proposed analogy. In particular, atomistic simulations of ubiquitin in solution based on CHARMM36 force field and pre-melted Ni NPs (Voter-Chen Embedded Atom Method potential) indicate a common dynamic heterogeneity, along with other features of glass-forming (GF) liquids such as collective atomic motion in the form of string-like atomic displacements, potential energy fluctuations and particle displacements with long range correlations ('colored' or 'pink' noise), and particle displacement events having a power law scaling in magnitude, as found in earthquakes. On the other hand, we find the dynamics of ubiquitin to be even more like a polycrystalline material in which the α-helix and β-sheet regions of the protein are similar to crystal grains so that the string-like collective atomic motion is concentrated in regions between the α-helix and β-sheet domains.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».