Single‐nucleotide substitution T to A in the polypyrimidine stretch at the splice acceptor site of intron 9 causes exon 10 skipping in the <i><scp>ACAT</scp>1</i> gene
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Background β‐ketothiolase (T2, gene symbol ACAT 1 ) deficiency is an autosomal recessive disorder, affecting isoleucine and ketone body metabolism. We encountered a patient ( GK 03) with T2 deficiency whose T2 mRNA level was <10% of the control, but in whom a previous routine cDNA analysis had failed to find any mutations. Genomic PCR ‐direct sequencing showed homozygosity for c.941‐9T>A in the polypyrimidine stretch at the splice acceptor site of intron 9 of ACAT 1 . Initially, we regarded this variant as not being disease‐causing by a method of predicting the effect of splicing using in silico tools. However, based on other findings of exon 10 splicing, we eventually hypothesized that this mutation causes exon 10 skipping. Methods cDNA analysis was performed using GK 03's fibroblasts treated with/without cycloheximide ( CHX ), since exon 10 skipping caused a frameshift and nonsense‐mediated mRNA decay ( NMD ). Minigene splicing experiment was done to confirm aberrant splicing. Results cDNA analysis using fibroblasts cultured with cycloheximide indeed showed the occurrence of exon 10 skipping. A minigene splicing experiment clearly showed that the c.941‐9T>A mutant resulted in transcripts with exon 10 skipping. There are few reports describing that single‐nucleotide substitutions in polypyrimidine stretches of splice acceptor sites cause aberrant splicing. Conclusion We showed that c.941‐9T>A induces aberrant splicing in the ACAT 1 gene. Our ability to predict the effects of mutations on splicing using in silico tools is still limited. cDNA analysis and minigene splicing experiments remain useful alternatives to reveal splice defects.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».