Transcriptome analysis reveals a complex interplay between resistance and effector genes during the compatible lentil-Colletotrichum lentis interaction
Notice bibliographique
Résumé
Colletotrichum lentis is a hemibiotrophic pathogen and causes anthracnose on lentil. To understand the molecular mechanism underlying the symptomatic phase of infection, a cDNA plasmid library was developed from the susceptible lentil cultivar Eston infected with an isolate of the virulent race 0 of C. lentis. The library was sequenced on the Sanger sequencing platform, generating a total of 11,094 expressed sequence tags (ESTs) representing 3,488 unigenes. Mapping of unigenes onto the C. lentis and the L. culinaris genomes resulted in the identification of 2,418 unigenes of fungal origin and 1,070 unigenes of plant origin. Gene ontology term analysis of unigenes revealed that the transcriptome contained 22 candidate effectors, such as in planta induced ToxB and CyanoVirin-N, and 26 resistance genes, including suppressor of npr1-1 constitutive 1 and dirigent. Comparative genomics analyses revealed that three of the candidate effectors are likely located in the subtelomeric regions, and two of them show no synteny with the closely related species C. higginsianum, suggesting genomic rearrangements, such as translocation during speciation to colonize different niches. The data suggest a complex molecular interplay between disease resistance proteins and effectors during compatible interaction in which the pathogen exploits defense responses mounted by the host.
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».