Multilocus sequence analyses reveal extensive diversity and multiple origins of fluconazole resistance in Candida tropicalis from tropical China
Notice bibliographique
Résumé
Candida tropicalis is among the most prevalent human pathogenic yeast species, second only to C. albicans in certain geographic regions such as East Asia and Brazil. However, compared to C. albicans, relatively little is known about the patterns of genetic variation in C. tropicalis. This study analyzed the genetic diversity and relationships among isolates of C. tropicalis from the southern Chinese island of Hainan. A total of 116 isolates were obtained from seven geographic regions located across the Island. For each isolate, a total of 2677 bp from six gene loci were sequenced and 79 (2.96%) polymorphic nucleotide sites were found in our sample. Comparisons with strains reported from other parts of the world identified significant novel diversities in Hainan, including an average of six novel sequences (with a range 1 to 14) per locus and 80 novel diploid sequence types. Most of the genetic variation was found within individual strains and there was abundant evidence for gene flow among the seven geographic locations within Hainan. Interestingly, our analyses identified no significant correlation between the diploid sequence types at the six loci and fluconazole susceptibility, consistent with multiple origins of fluconazole resistance in the Hainan population of C. tropicalis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».