MiR-204 down-regulation elicited perturbation of a gene target signature common to human cholangiocarcinoma and gastric cancer
Notice bibliographique
Résumé
// Valeria Canu 1,* , Andrea Sacconi 1,* , Laura Lorenzon 2 , Francesca Biagioni 1 , Federica Lo Sardo 1 , Maria Grazia Diodoro 4 , Paola Muti 5 , Alfredo Garofalo 3 , Sabrina Strano 5,6 , Antonietta D’Errico 7 , Gian Luca Grazi 3 , Mario Cioce 1 and Giovanni Blandino 1,5 1 Oncogenomic and Epigenetic Unit, Italian National Cancer Institute ‘Regina Elena’, Rome, Italy 2 Faculty of Medicine and Psychology, Surgical and Medical Department of Clinical Sciences, Biomedical Technologies and Translational Medicine, University of Rome ‘La Sapienza’, Sant’Andrea Hospital, Rome, Italy 3 HepatoBiliary Pancreatic Surgery, ‘Regina Elena’ National Cancer Institute, Rome, Italy 4 Department of Research, Advanced Diagnostic, and Technological Innovation, Regina Elena National Cancer Institute, Rome, Italy 5 Department of Oncology, Juravinski Cancer Center, McMaster University Hamilton, Hamilton, Ontario, Canada 6 Molecular Chemoprevention Group, Italian National Cancer Institute ‘Regina Elena’, Rome, Italy 7 Department of Medical and Surgical Sciences, Pathology Unit, S. Orsola-Malpighi Hospital, Alma Mater Studiorum, University of Bologna, Bologna, Italy * These authors have equally contributed to this work Correspondence to: Giovanni Blandino, email: // Keywords : gastric cancer, cholangiocarcinoma, micro-RNA, miR-204, prognostic Received : September 18, 2016 Accepted : January 27, 2017 Published : February 11, 2017 Abstract Background & Aims: There is high need of novel diagnostic and prognostic tools for tumors of the digestive system, such as gastric cancer and cholangiocarcinoma. We recently found that miR-204 was deeply downregulated in gastric cancer tissues. Here we investigated whether this was common to other tumors of the digestive system and whether this elicited a miR-204-dependent gene target signature, diagnostically and therapeutically relevant. Finally, we assessed the contribution of the identified target genes to the cell cycle progression and clonogenicity of gastric cancer and cholangiocarcinoma cell lines. Methods: We employed quantitative PCR and Affymetrix profiling for gene expression studies. In silico analysis aided us to identifying a miR-204 target signature in publicly available databases (TGCA). We employed transient transfection experiments, clonogenic assays and cell cycle profiling to evaluate the biological consequences of miR-204 perturbation. Results: We identified a novel miR-204 gene target signature perturbed in gastric cancer and in cholangiocarcinoma specimens. We validated its prognostic relevance and mechanistically addressed its biological relevance in GC and CC cell lines. Conclusions: We suggest that restoring the physiological levels of miR-204 in some gastrointestinal cancers might be exploited therapeutically.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».