β1,6‐<scp>GlcNAc</scp> Linkage to the Core Glycan on <scp>TIMP</scp>‐1 Affects Its Gelatinase Inhibitory Activities: Aberrantly Glycosylated <scp>TIMP</scp>‐1‐<scp>MMP2</scp> Complex Modeling Shows Weaker Interaction Compared to Bi‐antennary Glycosylated <scp>TIMP</scp>‐1
Notice bibliographique
Résumé
Matrix metalloproteinases (MMPs) are proteolytic enzymes that can regulate the tumor microenvironment. Metalloproteinase‐1 (TIMP‐1) is a MMP inhibitor that plays a critical role in the invasion and migration of cancer cells. N‐acetylglucosaminyltransferase‐V (GnT‐V) catalyzes the attachment of a β1,6‐N‐acetylglucosamine (GlcNAc) linkage to the core glycan, and TIMP‐1 has identified target proteins for GnT‐V. Recent research reveals that aberrantly glycosylated TIMP‐1 showed a weaker inhibition on gelatinase, and that this aberrancy of glycosylation was closely related with cancer cell invasion and metastasis. However, the mechanism of action of glycan modification is not known at the molecular level. In this study, the bi‐antennary and aberrant glycan structures were determined by mass spectrometry, and a model of the glycosylated TIMP‐1‐MMP2 complex was constructed to study the effects of glycosylation on the inhibitory activity of TIMP‐1. Then this model was used to examine the effects of attaching a β1,6‐GlcNAc linkage to the core glycan on the interaction of TIMP‐1 with MMP2. The gelatinase inhibitory activity is decreased when additional a β1,6‐GlcNAc moiety is linked to the core glycan on TIMP‐1. The modeled structure of the glycosylated TIMP‐1‐MMP2 complex reveals how aberrant N‐linked glycan hinders the interaction of these molecules.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».