Evaluation of the CapillaryS 2 CE System for Hemoglobinopathy Investigations.
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Traditional diagnosis of hemoglobinopathies rely on separation and accurate quantification of hemoglobin (Hb) fractions using alkaline and acid electrophoresis, isoelectric focusing (IEF) and/or High Performance Liquid Chromatography (HPLC). Recent reports have suggested capillary electrophoresis (CE) as an alternate method for screening. We evaluated a new CE system the Sebia CapillaryS 2 (Evry Cedex, France) and compared it to IEF and HPLC. For this evaluation samples referred to our laboratory for routine hemoglobinopathy screening or as cord bloods sent for confirmation of a variant detected as a result of newborn screening were analyzed using all three techniques. IEF was performed with the Resolve IEF kit (Perkin Elmer,Wallac Oy, Finland). HPLC was done on the BioRad Variant II (Munich, Germany) using the Hb A2/Hb A1c Dual program. The CE was performed using the “Capillarys Hemoglobin(E) kit”. Suspected rare variants were further investigated with DNA investigations, including PCR and direct nucleotide sequencing. Variant hemoglobins were detected in 156 of 764 samples (Table 1). The correlation between IEF, HPLC and CE was excellent. One variant (Hb Toulon) was not detected by the CE but ran with Hb F. The CE system did not report the Hb F value on samples with very low (< 1.0%) Hb F by HPLC. Two cases of Hb Constant Spring were identified by CE but not by either IEF or HPLC. The correlation of both Hb F and Hb A2 reported between the CE and HPLC systems were excellent (R > 0.99 and 0.98, Figure 1 and Figure 2 respectively). The positive bias of Hb A2 seen in HPLC when Hb S is present was lower in the CE. However, the CE system demonstrated a negative bias for Hb A2 if Hb C was present. CE was the only system capable of separating Hb A2 from Hb E. We conclude that CE is comparable to both IEF and HPLC for separation and quantification of hemoglobin fractions; this system has the added advantage of reporting Hb A2 in the presence of Hb E and consistently identifies Hb Constant Spring, which is not easily detected on IEF or HPLC. Further this CE system is user friendly and holds promise as a tool for newborn screening and routine laboratory hemoglobinopathy investigations. Hemoglobinopathy Detected Hemoglobinopathy Number β Thalassemia 99 Hb S trait 55 Cord with Hb Barts 28 Hb C trait 13 Hb E trait 12 Hb D trait 8 α variant (not yet identified) 5 Hb Barts + Hb S trait 4 Hb Barts + Hb D trait 3 Hb S disease 3 Hb Barts + Hb E trait 2 Hb E +β Thalassemia 2 Hb H disease 2 Hb Constant Spring 2 Hb J Baltimore 2 Hb Toulon 2 δ variant (not identified) 2 Hb S + Hb C 1 Hb Barts + Hb C trait 1 Hb Q Thailand + --SEA/αα 1 Homozygous Hb E + Hb Constant Spring 1 Hb S + Hb Kenya 1 Hb J Roviga 1 Hb Beograd 1 Hb G Coushatta 1 Hb Sirian 1 Hb Titusville 1 B variant (not identified yet) 1 Total Abnormal 255 No hemoglobinopathy detected 509 Total 764 Hb F: HPLC vs CE Hb F: HPLC vs CE Hb A2: HPLC vs CE Hb A2: HPLC vs CE
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,008 | 0,011 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».