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Enregistrement W2588903294 · doi:10.1093/neuonc/now212.342

GENT-36. THE GENOMIC LANDSCAPE OF SCHWANNOMA

2016· article· en· W2588903294 sur OpenAlexaff
Sameer Agnihotri, Mark R. Wilson, Shahrzad Jalali, Arnavaz Danesh, Mira Li, George Klironomos, Jonathan R. Krieger, Alireza Mansouri, Osaama H. Khan, Yasin Mamatjan, Peter J. Tonge, Pankaj K. Agarwalla, Wenya Linda Bi, Ian F. Dunn, Rameen Beroukhim, Michael G. Fehlings, Vera Bril, Stefano Maria Pagnotta, Trevor J. Pugh, Antonio Iavarone, Kenneth Aldape, Gelareh Zadeh

Notice bibliographique

RevueNeuro-Oncology · 2016
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueNeurofibromatosis and Schwannoma Cases
Établissements canadiensSickKids FoundationHospital for Sick ChildrenPrincess Margaret Cancer CentreUniversity Health Network
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésSchwannomaBiologyCancer researchFusion geneExomeSchwann cellMAPK/ERK pathwayGeneExome sequencingGeneticsMedicinePathologyMutationSignal transductionCell biology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Schwannomas are common cranial and spinal nerve tumors that can cause significant debilitating morbidities. To date, clinical trials for schwannomas have yielded mixed to no benefits and this may be in part due to a lack of fully understanding the somatic alterations that occur in schwannoma. We performed an integrative multiplatform analysis to determine the genomic landscape of sporadic schwannomas. Exome sequence analysis with validation by targeted DNA-sequencing of 125 samples uncovered, in addition to expected NF2 disruption, recurrent mutations in ARID1A, ARID1B and DDR1. Genome wide methylation profiling revealed that schwannomas consists of two molecular subgroups with unique gene signatures and anatomical location. RNA sequencing revealed a recurrent in-frame gene fusion on chromosome 10q in 12/125 (10%) cases, and genomic analysis identified the mechanism to be from a balanced 19Mb chromosomal inversion. The presence of the fusion was associated with male gender predominance, occurring in one out of every six men with schwannoma. Expression of the fusion transcript in both schwannomas and normal schwann cells resulted in elevated phosphorylated-ERK, increased proliferation, increased invasion and resulted in the formation of in vivo xenografts. Targeting of the MEK/ERK pathway was effective in fusion-positive Schwann cells, suggesting a possible therapeutic approach for this subset of tumors. Our study provides rationale that integrative analysis approaches can identify novel therapies for schwannoma patients.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,730
Score d'incertitude au seuil0,585

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,024
Tête enseignante GPT0,280
Écart entre enseignants0,256 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2016
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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