The Impact of Native State Switching on Protein Sequence Evolution
Notice bibliographique
Résumé
For proteins with a single well-defined native state, protein 3Dstructure is a major determinant of sequence evolution. On the other hand, many proteins adopt multiple, distinct native structures under different conditions ("conformational switches"), yet the impact of such native state switching on protein evolution is not fully understood. Here, we performed a proteome-wide analysis of how protein structure impacts sequence evolution for protein conformational switches in Saccharomyces cerevisiae using pooled analysis of sites with similar packing or burial. We observed a strong linear relationship between residue evolutionary rate and residue burial for conformational switches. In addition, we found that conformational switches evolve significantly and consistently more slowly than proteins with a single native state, even after controlling for degree of residue burial or packing. Next, we focused on proteins that switch conformations upon molecular binding. We found that interfacial residues in these conformational switches evolve more slowly than interfacial residues in proteins with a single native state, and that the bound conformation is a better predictor for residue evolutionary rate than the unbound conformation. Our findings suggest that for conformational switches, the necessity to encode multiple distinct native structures under different conditions imposes strong evolutionary constraints on the entire protein, rather than just a few key residues. Our results provide new insights into the structure-evolution relationship of protein conformational switches.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».