A genome wide association study identifies a lncRna as risk factor for pathological inflammatory responses in leprosy
Notice bibliographique
Résumé
Leprosy Type-1 Reactions (T1Rs) are pathological inflammatory responses that afflict a sub-group of leprosy patients and result in peripheral nerve damage.Here, we employed a family-based GWAS in 221 families with 229 T1R-affect offspring with stepwise replication to identify risk factors for T1R.We discovered, replicated and validated T1R-specific associations with SNPs located in chromosome region 10p21.2.Combined analysis across the three independent samples resulted in strong evidence of association of rs1875147 with T1R (p = 4.5x10 -8 ; OR = 1.54, 95% CI = 1.32-1.80).The T1R-risk locus was restricted to a lncRNA-encoding genomic interval with rs1875147 being an eQTL for the lncRNA.Since a genetic overlap between leprosy and inflammatory bowel disease (IBD) has been detected, we evaluated if the shared genetic control could be traced to the T1R endophenotype.Employing the results of a recent IBD GWAS meta-analysis we found that 10.6% of IBD SNPs available in our dataset shared a common risk-allele with T1R (p = 2.4x10 -4 ).This finding points to a substantial overlap in the genetic control of clinically diverse inflammatory disorders. Author summaryLeprosy still affects approximately 200,000 new victims each year.A major challenge of leprosy control is the prevention of permanent disability due to nerve damage.Nerve damage occurs if leprosy remains undiagnosed for extended periods or when patients
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».