Validation of the Decipher prostate cancer classifier in intermediate to high-risk men treated with radical prostatectomy but without additional therapy upon PSA rise.
Notice bibliographique
Résumé
173 Background: Radical prostatectomy (RP) is a primary treatment option for men with intermediate and high risk prostate cancer. Though many will be effectively cured with local therapy alone, these men are by definition at higher risk of adverse pathologic findings and clinical disease recurrence. The Decipher test has been previously shown to predict metastatic progression in cohorts that included adjuvant and salvage therapy after RP. Here we evaluate Decipher in a natural history cohort of at risk men who received no additional treatment until the time of metastatic progression. Methods: Men with NCCN intermediate or high risk localized prostate cancer treated with RP at the Johns Hopkins Medical Institute (1992-2010) with at least 5 years of post-operative follow up were identified. Only men with initial undetectable PSA after surgery and who received no therapy prior to metastasis detection were included (n=765). A case-cohort design was used to randomly sample the cohort. The highest Gleason grade cancer tissue was used for RNA extraction and Decipher genomic classifier (GC) scores were calculated with a locked 22-biomarker signature and algorithm. Results: GC results were obtained for 260 patients, 28% had positive margins, 77% had EPE, 28% had SVI, 20% had lymph node invasion and 36% had Gleason ≥8 disease. Median follow up was 9 (IQR 6-12) years and at 15 years post RP the cumulative incidence of BCR, metastasis and prostate cancer specific death was 38%, 21% and 9%. Median GC score was 0.34 (IQR: 0.22-0.52) and was significantly higher among men experiencing metastatic progression during follow up (0.47 vs 0.28 respectively p<0.001). In UVA and MVA (adjusting for clinical covariates), GC had an HR of 1.48 (95% CI: 1.30-1.69, p<0.001) and 1.37 (95% CI: 1.21-1.55, p<0.001) per 10% increase, respectively. Conclusions: The majority of the men in this study had excellent long-term outcomes with surgery alone. Elevated Decipher scores correlated with metastatic events, independent of clinical risk factors. Use of Decipher may allow for selection of candidates for immediate vs. delayed adjuvant or salvage therapy following prostatectomy.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».