Gene-expression signatures as prognostic for relapse in stage I testicular germ cell tumors (TGCT).
Notice bibliographique
Résumé
493 Background: Genomic signatures may compliment pathological features in identifying appropriate patients who may benefit from adjuvant therapy in Stage I (SI) TGCT. This study aimed to identify a gene expression pattern to differentiate between relapsed (R) and non-relapsed (NR) SI TGCT. Methods: Patients with SI non-seminoma (NS) and seminoma (S) were identified from an institutional database from 2000 to 2012. All patients were managed with active surveillance. NR-NS and NR-S patients were defined as having no evidence of relapse after 2 and 3 years of surveillance respectively. Following pathology review, RNA extraction and gene expression analysis was performed on archived paraffin embedded tumor and normal testicular tissue using Illumina Whole Genome DASL Human HT-12 V4 BeadChip. Hierarchical clustering analysis, ANOVA and t-tests were used to evaluate candidate genes and expression patterns that could differentiate NR and R samples. Results: 57 patients (12 R-NS, 15 R-S, 15 NR-NS, 15 NR-S) were identified with median relapse time of 5.6 (2.5-18.1) and 19.3 (4.7-65.3) months in NS and S cohorts respectively. 3 additional normal testis samples were included. Poor prognostic factors were more frequent in R versus NR cases (NS: vascular invasion [5/12 vs 0/15]; S: median size [4cm vs 2.8cm]). Unsupervised hierarchical clustering of 22822 probes randomly separated S from NS, indicating no batch effect. One-way ANOVA revealed 4525 significantly varying probes (p < 0.05) however, no statistically significant gene expression profile differentiated the 4 cohorts. A discriminative gene expression profile between R and NR cases was discovered when combining NS and S samples using 10 (p = 0.03) and 30 (p = 0.03) probe signatures with a 10 fold cross-validation. However, this profile was not observed in the S and NS cohorts individually. Conclusions: A discriminating signature for R and NR was identified for SI testis tumors, but not separately for NS and S. Biological relevance of these signatures is to be determined. Further studies are required to corroborate this profile in NS and S. If validated, these expression patterns could help identify patients beyond standard pathological risk algorithms for optimal management.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».