Molecular mechanisms of cooperative binding of transcription factors Runx1–CBFβ–Ets1 on the TCRα gene enhancer
Notice bibliographique
Résumé
Ets1 is an essential transcription factor (TF) for several important physiological processes, including cell proliferation and differentiation. Its recognition of the enhancer region of the TCRα gene is enhanced by the cooperative binding of the Runx1-CBFβ heterodimer, with the cancelation of phosphorylation-dependent autoinhibition. The detailed mechanism of this interesting cooperativity between Ets1 and the Runx1-CBFβ heterodimer is still largely unclear. Here, we investigated the molecular mechanisms of this cooperativity, by using molecular dynamics simulations. Consequently, we detected high flexibility of the loop region between the HI2 and H1 helices of Ets1. Upon Runx1-CBFβ heterodimer binding, this loop transiently adopts various sub-stable conformations in its interactions with the DNA. In addition, a network analysis suggested an allosteric pathway in the molecular assembly and identified some key residues that coincide with previous experimental studies. Our simulations suggest that the cooperative binding of Ets1 and the Runx1-CBFβ heterodimer alters the DNA conformation and induces sub-stable conformations of the HI2-H1 loop of Ets1. This phenomenon increases the flexibility of the regulatory module, including the HI2 helix, and destabilizes the inhibitory form of this module. Thus, we hypothesize that this effect facilitates Ets1-DNA binding and prevents the phosphorylation-dependent DNA binding autoinhibition.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».