Targeted analysis of progressive metabolic perturbations in colorectal cancer in colorectal adenoma: Potential for a serum metabolomics-based colorectal cancer screening test.
Notice bibliographique
Résumé
426 Background: Colorectal cancer (CRC) could be resected and cured if detected at an early stage. A serum metabolomics-based screening test would represent a rapid and convenient means to identify adenoma and early CRC. However, changes in the metabolome with such minimal disease may be too subtle if the usual high throughput discovery approach were taken. We postulated that adenoma-associated metabolic changes could be better identified by targeting our analysis to metabolites that changed in a progressive manner with sequential stages of disease. Methods: Sera from patients with locoregional (LR CRC) and metastatic (mCRC) disease (stage I n=21, stage II n=30 , stage III n= 35, stage IVa n=67) and matched controls (n=121) were analyzed by gas chromatography-mass spectrometry (GC-MS). After normalization, batch correction and autoscaling, 249 features were selected. Metabolites that characterized CRC were filtered by identifying those metabolites that increased or decreased in a progressive manner with higher disease stage. Subsequently, sera from 31 adenoma patients and 31 matched controls, collected under standardized conditions prior to colonoscopy and polypectomy, were analyzed by GC-MS. "The variable importance” of metabolites identified in the first analysis were studied. Results: Products of fatty acid metabolism (dodecanoic acid, 2-amino butanoic acid, isocaproic acid, hexadecanoic acid) and urea were among metabolites that were altered more markedly in advanced disease stages. A number of metabolites that changed in this progressive fashion were found to change to a more subtle degree in adenoma. Conclusions: A targeted analysis of metabolites that change in a progressive fashion as CRC progresses represents a means to identify the subtle changes in the serum metabolome that accompany adenoma. This demonstrates the feasibility of developing a serum metabolomics-based screening test for CRC. In addition, extension of this selection approach can be used in other applications where minimal disease is challenging to detect with conventional statistical methods.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».