The frequency of druggable targets in localized prostate cancer: Initial analysis from the Decipher GRID.
Notice bibliographique
Résumé
98 Background: Prostate cancers patient management has been enhanced with commercially available genomic prognostic tests such as the Decipher prostate cancer classifier that are useful for making treatment decision-making. In addition to being the most validated predictor of metastasis in prostate cancer, Decipher is also a genome-wide assay that measures the expression of many druggable targets. Methods: Decipher GRID (Genomic Resource Information Database), was queried to assess the expression patterns of 14 genes from 5 biological pathways (Table) in 1,850 patients from previously published Decipher validation studies. The frequency of high (or low) expression of each gene was ascertained using a standard and more conservative thresholds based on the median absolute deviation (MAD) metric. For the standard threshold, genes whose high expression is of clinical relevance, patients with gene expression above the median + 1.48*MAD were annotated as high expression and for genes whose low expression is of clinical relevance, patients with gene expression below the median - 1.48*MAD were annotated as low expression. For the conservative threshold, median +/- 2*1.48*MAD was used. Results: See Table. Conclusions: Since every patient receiving the Decipher test also has a genome-wide expression profile, the Decipher GRID will allow researchers to evaluate on a systematic population-level the expression of genes that may be targeted with existing therapies. Such information may be useful for selection of optimal systemic therapy and inclusion into clinical trials of novel targeted agents. This rich genomic resource is being made available on a research use only basis to prostate cancer researchers and to clinicians seeking to uncover individualized genomic insights for patients to advance precision medicine. [Table: see text]
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».