MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W2591025604 · doi:10.1055/s-0035-1556329

Metabolite and transcriptome analysis of an Australian eremohila plant and its correlation to antibacterial effects

2015· article· en· W2591025604 sur OpenAlexaff
ON Kracht, Fabrice Berrué, A Müller, John J. Kelly, Mary Piotrowski, Russell G. Kerr, Daniel Wibberg, Bradley Haltli, Martin Lanteigne, Jörn Kalinowski, Thomas Brück, Robert Kourist

Notice bibliographique

RevuePlanta Medica · 2015
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenomics and Phylogenetic Studies
Établissements canadiensNautilus Biosciences (Canada)University of Prince Edward Island
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésTranscriptomeBiologyTerpeneAntibacterial activityBotanyTraditional medicineBacteriaBiochemistryGeneMedicineGene expressionGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

The Australian plant Eremophila belongs to the Myoporaceae tribe and includes over 200 different species. Some Eremophila species have been used in the Aboriginal medicine to alleviate symptoms like skin lesions and sore throat [1]. Various studies showed antibacterial effects of different Eremophila species against a wide range of Gram positive bacteria. Interestingly, we also observed an antibacterial effect of semipurified Eremophila serrulata fractions against the Gram negative bacterium Proteus vulgaris. This study deals with the elucidation of terpene biosynthetic pathways in Eremophila serrulata. Different terpene transcripts were identified by applying different bioinformatic approaches in a normalized transcriptome data set sequenced on the Illumina MiSeq system. The poster presents different terpenes identified from this plant and describes the results from sequence analysis of the transcriptome for metabolic reconstruction and of the expression and characterization of biosynthetic enzymes.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,735
Score d'incertitude au seuil0,355

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,015
Tête enseignante GPT0,250
Écart entre enseignants0,234 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2015
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revuePlanta MedicaMême sujetGenomics and Phylogenetic StudiesTravaux en français237 207