Molecular profiling of patients (pts) with advanced colorectal cancer (CRC): Princess Margaret Cancer Centre experience.
Notice bibliographique
Résumé
459 Background: The prevalence of somatic mutations other than KRAS, PIK3CA and BRAF in CRC has not been well described. This study reports molecular profiling of pts with advanced CRC in clinical practice. Methods: Pts with advanced CRC are enrolled in an ongoing institution-wide screening program. Molecular profiling is performed on FFPE archival tissues using a customized Sequenom panel (23 genes, 279 mutations) or the Illumina MiSeq TruSeq Amplicon Cancer Panel (48 genes, 212 amplicons, ≥ 500x coverage) in our CLIA-certified laboratory. PTEN negative tumor is defined by IHC with H score <1. Demographic and clinical data are collected. Data was analyzed by chi-square test. Results: From March 2012 to August 2013, 132 pts were enrolled. One or more mutations were found in 50% (58/117) and 93%(14/15) of pts using Sequenom and MiSeq platforms respectively. Mutation rate was 40% for KRAS, 9% for PIK3CA, 2% for BRAF, 4% for NRAS, and 1% for each of CTNNB1, ERBB2, FGFR3, and EGFR. Mutations outside of codons 12/13 were found in 8% (4/53) of tumors with KRAS mutations. MiSeq showed additional mutations including ERBB4 (1/15), SMAD4 (1/15), FRXW7 (1/5), APC (5/15), and TP53 (12/15) in CRC. Co-mutation with KRAS was found in 58% (7/12) of pts with PIK3CA mutation and 80% (4/5) of pts with APC mutation. PTEN negative tumor was present in 20% (11/55) of pts. Presence of any mutation was significantly more common for pts with right-sided CRC (73%) compared to those with left-sided CRC (47%) and rectal CRC (38%) (p < 0.01). There was a trend toward increased proportion of KRAS mutation in right-sided CRC (p=0.06). There was no difference in age, ethnicity, gender, smoking status, stage at presentation, pathology grade, and response to first-line chemotherapy between right and left-sided CRC. Conclusions: Somatic alterations are common in advanced CRC. Targeted next-generation DNA sequencing identifies additional clinically relevant alterations than multiplex genotyping. Differences in the mutation profile of right and left-sided CRC tumors should be further investigated. Updated results will be presented at the meeting.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».