Comprehensive genomic analysis in metastatic pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC).
Notice bibliographique
Résumé
285 Background: In the absence of defined tumor molecular subtypes and validated predictive markers, PDAC has been largely treated as a single disease. Recent studies of molecular subtyping in PDAC reveal a complex mutational landscape with data suggesting the presence of genomic and gene expression signatures that may have prognostic and therapeutic significance. These studies predominantly focused on resected PDAC and lack data on metastatic tumors. We aim to explore the clinical utility of whole genome sequencing (WGS) and transcriptome analysis from metastatic biopsy samples in patients (pts) with advanced PDAC. Methods: Pts with incurable advanced cancers undergo tumor biopsy for in-depth WGS and RNA sequencing (RNASeq) as part of an ongoing prospective study (NCT02155621). Comprehensive bioinformatics analysis is performed to identify somatic cancer aberrations, gene expression changes and cellular pathway abnormalities. Here we describe clinical and molecular data on the subset of pts with advanced PDAC. Results: Sixteen PDAC pts have been enrolled; median age 59 years, 8 males (50%), 10 with de novo metastases (63%). Full WGS and RNASeq were completed in 11 pts (1 failed biopsy, 4 had insufficient tumor). KRAS codon 12 and TP53 mutations were present in all but one pt. CDKN2A and SMAD4 were also frequently altered (7 and 4 pts respectively). Gene expression analysis for classical and basal subtypes similar to those recently described (PMID 26343385) identified 3 and 6 pts with classical and basal expression patterns respectively, and 2 pts with mixed expression. Overall survival (OS) was significantly worse for the basal subtype vs all others (median OS 7 vs. 13.9 months (ms), p = 0.017). When separated into 3 subtypes a significant difference was still noted (median OS 7 ms in basal, 19.2 ms in classical and 11.8 ms in mixed subtype, p = 0.032). Conclusions: WGS analysis demonstrated a similar mutation pattern to that described in resectable PDAC, with no novel actionable mutations identified. Gene expression analysis demonstrated the presence of distinct gene expression signatures significantly associated with outcome, despite small pt numbers. These results need to be validated prospectively in larger cohorts. Clinical trial information: NCT02155621.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».